莫纳什大学由十个院系组成，他们分别是：
艺术、设计与建筑学院（Faculty of Art, Design and Architecture）：下设艺术系、设计系、建筑系。
文学院（Faculty of Arts）：设有语言学系、媒体电影与新闻学系、哲学历史与国际研究学系、社会科学系、音乐学系、文学与社会科学系（马来西亚校区）。另外还有两个研究中心：莫纳什戏剧与表演中心、莫纳什土著学研究中心。
商业与经济学院（Faculty of Business and Economics）：设有会计系、金融系、商法与税务系、计量经济与商业统计学系、经济学系、管理学系、营销学系、领导力与决策教育系。另设四个研究中心：莫纳什金融研究中心、发展经济学与可持续性研究中心、国际商业研究中心、健康经济学中心。
教育学院（Faculty of Education）
工学院（Faculty of Engineering）：设有化学工程系、土木工程系、电子及计算机系统系、材料科学与工程系、机械与航天工程系。
信息技术学院（Faculty of Information Technology）：设有两个研究中心：数据科学中心、组织与社会信息学中心。
法学院（Faculty of Law）：设有人权法系、法律健康与福祉系、女权主义法系、可持续发展法律实践系、跨国刑法系。学院另设两个研究中心：澳大利亚司法与革新研究中心、商法与管理研究中心。
医学、护理与健康科学学院（Faculty of Medicine, Nursing and Health Sciences）：设有三个学院与七个学系，它们分别是：中心临床医学院、临床医学科学院、东部临床医学院、医学系、护理学系、基层医疗与保健系、公共卫生与预防医学系、乡镇医疗系、生物医学系、心理学系。学院附属或合作的医学研究院多达36个，其中包括6个澳大利亚国立医学研究中心（微生物基因组学、重症医疗、健康风险评估、血液病、再生医学、创伤）、澳大利亚考科蓝组织，以及国际知名的哈德森研究院（Hudson Institute）、伯内特研究院（Burnet Institute）、贝克心脏与糖尿病研究院（Baker Heart and Diabetes Institute）、阿尔弗莱德研究中心（Alfred Centre）。
药学与药物科学学院（Faculty of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences）
理学院（Faculty of Science）：设有生物学系、化学系、地球大气与环境系、物理系、数学系。
莫纳什大学主建了95座研究中心，参与了17座合作研究中心，并与全球120所研究机构建立了合作关系，在许多研究领域都树立了国际威信，尤其是以下领域：干细胞研究、纳米技术、繁殖生物学、药物开发、交通安全。此外，作为澳大利亚首个医学研究大学，莫纳什大学每年从澳大利亚国家健康与医疗研究委员会获得高达2600万澳元研究基金。
莫纳什学院附属于莫纳什大学，为国际留学生进入莫纳什大学提供预科通道，国际留学生可以通过在莫纳什学院的学习后，直接进入莫纳什大学学习，最终同样获得莫纳什大学学位文凭。莫纳什大学拥有自己的英文教学中心，为国际留学生提供各种英文配套课程，其中包括基础英文课程、高级英文课程、雅思英文课程、英语直升课程、专业英文课程等。
专业设置
文科/社会科学：各种语言学、亚洲研究、欧洲研究、澳大利亚研究、新闻学、编辑学、社会学、社会工作、社会福利、图书馆管理、表演艺术、视觉艺术、陶艺、音乐、平面设计、工业设计等。
商学：应用金融、会计、精算学、银行金融、财务管理、计量经济、农业经济、企业管理、国际贸易、经济、MBA、工业关系、商用电脑、饭店管理、旅游观光等。
电子计算/电脑资讯：电脑科学、电脑系统分析、电子传讯、商用电脑、电脑电子工程学等。
教育：幼儿/小学/中学教育、特殊教育、英语教学、教育心理、教育研究与管理等。
工程：化工、土木、电机/电脑、材料、机械、工业、结构、环境、水利及交通工程等。
科学：生物、心理、应用心理、行为科学、环境科学、应用科学等。
法律：法律、大法官学等。
医学：心理医学、生殖学、免疾学、性病学、传染病学及生物统计学、微生物学、职业健康、护理、助产、公共卫生、药剂学、药理学、生物医学等。
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